上文已提到，《超级机器人大战OG 月之居民》剧情分支的选择/进入，不受 SR 点数影响。流程路线如下，选择初学者模式，则自动跳到第二话A路线的“父与子，以及宿命”这一关。
章节路线第0话序章 分歧第1话A·魂之剑对双界帝B·白色山猫第2话A·父与子，以及宿命B·厌客再临第3话A·泥人偶的陷阱B·灾难自彼方而来第4话A·各自的理由B·复生的亡灵第5话A·水晶之龙B·沉睡之敌第6话A·枪神护卫B·银十的目的第7话A·極上の獲物B·守护之剑的碎片第8话A·光辉的格兰帝特B·转移航向第9话A·共鸣B·加帝索德 合流第10话时间停止装置第11话惨剧之夜（前篇）第12话惨剧之夜（后篇）第13话钢龙战队，前往西方第14话奸邪的小丑第15话台北突入第16话应已忘却的称呼第17话钩与剑第18话骷髅的骑士第19话幽灵窜逃第20话意外发现第21话奇里亚姆的一招第22话假戏真做 分歧第23话A·假面的潜伏者B·双重诱饵第24话A·共同战线B·解放喀拉蚩第25话A·凯旋作战B·奥凡的真心 合流第26话贾穆爆冲第27话踏入陷阱第28话灵魂之剑，超越之人第29话希望的去向 分歧第30话A·沙上的结界B·空间支配者第31话A·负念的金字塔（前篇）B·沃特与菲雅莉第32话A·负念的金字塔（后篇）B·皇家真剑第33话A·茵草燃烧 B·混乱敌人 合流第34话空虚之魂 第35话夏娜米亚的话语第36话互相牵引的人们第37话自静死的归还第38话7分钟的撤退战第39话被摧毁的负念体第40话死线上的钢铁号第41话鲜血旋风第42话白光守门者第43话剑、交错之时第44话冰冷的世界（前篇）第45话冰冷的世界（后篇）第46话魔城，现迹最终话双柱之门神
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