概念不同，收付实现制是以款项的实际收付为标准来处理经济业务，确定本期收入和费用，计算本期盈亏的会计处理基础。权责发生制是以本会计期间发生的费用和收入是否应计入本期损益为标准，处理有关经济业务的一种制度。以及使用对象不同、会计期末处理方法不同、确认收入和费用的标准不同。
权责发生制又称“应收应付制”。它是以本会计期间发生的费用和收入是否应计入本期损益为标准，处理有关经济业务的一种制度。凡在本期发生应从本期收入中获得补偿的费用，不论是否在本期已实际支付或未付的货币资金，均应作为本期的费用处理；凡在本期发生应归属于本期的收入，不论是否在本期已实际收到或未收到的货币资金，均应作为本期的收入处理。实行这种制度，有利于正确反映各期的费用水平和盈亏状况。
收付实现制亦称“收付实现基础”或“现收现付制”。是“权责发生制”的对称。在会计核算中，是以款项是否已经收到或付出作为计算标准，来确定本期收益和费用的一种方法。凡在本期内实际收到或付出的一切款项，无论其发生时间早晚或是否应该由本期承担，均作为本期的收益和费用处理。如：本期支付而由后期受益费用，一律由本期核销进入本期成本，不再分摊。采用这种方法，优点是期末无需对本期的收益和费用进行调整，核算手续比较简单但不能正确地反映各期的成本和盈亏情况。我国预算会计都采用收付实现制，因为它能真实地反映当年的预算收支实际执行结果，既能避免预算上的虚假平衡，又便于资金调度和统筹使用。
权责发生制和收付实现制的区别如下:
1、概念不同
收付实现制是以款项的实际收付为标准来处理经济业务，确定本期收入和费用，计算本期盈亏的会计处理基础。
权责发生制又称“应收应付制”。它是以本会计期间发生的费用和收入是否应计入本期损益为标准，处理有关经济业务的一种制度。
2、使用对象
我国企业采用权责发生制，但我国的行政单位仍然普遍采用收付实现制。
3、会计期末处理方法不同
权责发生制是本期的收入和费用以“应收应付“为原则入账，不论款项是否实际收到或支出。
收付实现制则以”实收实付“为原则入账，已实际现金的收到和支付为衡量标准。
4、确认收入和费用的标准不同
权责发生制按照收入已经实现和费用已经发生，并应由本期负担为标准确认本期收入和本期费用。
收付实现制是按照收益、费用是否在本期实际收到或付出为标准确定本期收益和本期费用。
优缺点
权责发生制的优点是科学、合理、盈亏的计算比较准确，但缺点比较复杂。
收付实现制的优点是操作方便，缺点是对盈亏计算不准确。