位于苏州、上海之间，土地总面积921平方公里，是一个以外向型经济为主导的新兴工商城市。
昆山，春秋吴王在苏州建城时，以娄江自苏州娄门流经此地入江，因名娄邑。今市政府所在地玉山镇西南旧称卜山，一称土山，相传吴王寿梦曾在这一带设苑豢鹿以供射猎，并建有城邑，名西鹿城，故昆山古代别称鹿城。
勾践灭吴后，地属越。楚威王灭越，属楚。秦始皇二十四年(前223)秦灭楚，改邑称县，易名疁县。疁，音“留”，以“娄”、“疁”音近而讹。汉改娄县，属会稽郡，县治在今昆山市东北。汉高祖六年(前201)，汉置荆国，娄县属荆国；十一年，荆国除，隶会稽郡；次年，立刘濞为吴王，辖荆国旧地，属吴国。景帝四年(前153)，吴国除，立刘非为江都王，治吴国旧地，属江都国。武帝元狩二年(前121)，江都国废，复属会稽郡。王莽篡汉，改称娄治。东汉建武十一年(公元35年)，复名娄县；永建四年(129)，析会稽地置吴郡，娄县属吴郡。南朝梁天监六年(507)，析娄县地置信义县，娄县、信义县同属信义郡。信义，因方言音讹，后代又称真义、进义、精义、精谊、畯义、正义，1949年11月定名正仪，今为昆山市正仪镇人民政府所在地。
南朝梁大同二年(536)，分信义县置昆山县，县治在今上海市松江区西北小昆山之北。此为史称“昆山”之始。昆山县的得名，源于当时境内的昆山。昆山又名天马山，在今上海市松江县西北。根据《晋书》、《舆地广记》的记载，三国东吴名相陆逊的孙子陆机(字士衡)，年轻时就有异才，文采冠盖一世，当时知名文人崔君苗见其所作之文，“辄欲焚其笔砚”；大文学家孙绰极口称赞“陆文若排沙简金，往往见宝”；著名文学家葛洪曾推许他的作品“犹玄圃(仙境)之积玉，无非夜光焉，五河之吐流，泉源如一焉。其弘丽妍赡，英锐飘逸，亦一代之绝乎！”陆机之弟陆云(字士龙)，六岁即能文，所为文章“词藻丽密，旨意深雅”；当时被人们誉为“五俊”之一的闵鸿一见面即深相叹服，极口称赞：“此儿若非龙驹，当是凤雏。”《晋书》将陆机、陆云并列立传，说兄弟二人“文藻宏丽，独步当时，言论慷慨，冠于终古”。时人遂号陆机、陆云为“二陆”。又因陆氏祖先葬于此山，陆机、陆云既生而并有才名，犹如一对美玉，人们又以“玉出昆冈”比之(昆冈，古代传说中的产玉之山)，于是后人遂称此山为昆山。
南朝梁大同二年(536)所置昆山县的县境远比今日昆山市大，除现辖政区外，还领有今太仓、上海市嘉定县及松江、青浦二县的部分地区。隋开皇九年(589)，吴州改苏州，裁昆山、信义二县，二县地属苏州；十八年，复置昆山县。唐天宝十年(751)，析昆山南境置华亭县(今上海市松江县)，并移治马鞍山南麓。五代至元初，昆山先后属中吴府、中吴军、平江军、苏州、平江府、平江路。元元贞元年(1295)，升昆山为州。至正十六年(1356)，昆山州移州治于太仓，不久移还旧治。二十七年，改平江路为苏州府，昆山仍属之。
明洪武二年(1369)，降昆山州为县。清雍正初，分昆山地另置新阳县，二县同城而治。新阳县，以境内新阳江得名。新阳江，亦称新洋江、青阳江、新阳港，今名青阳港，南接吴淞江，北抵娄江，现为连接上海港与张家港的内河运输航道。咸丰十年(1860)四月，太平天国忠王李秀成部将李文炳取昆山、新阳，为避太平天国南王冯云山讳，改昆山为昆珊，两县同属太平天国苏福省。同治二年(1863)四月，太平军北撤，复名昆山。
1912年1月，昆山、新阳二县合并，仍名昆山县，属江苏省上海道；1914年6月，属苏常道；1927年4月废道，直属江苏省；1933年3月，属江苏省第三区行政督察专员公署，不久属无锡区督察专员公署；1935年，属第二区行政督察专员公署。抗日战争中，昆山属伪江苏省政府。抗战胜利后，属江苏省江南行署，旋改属第二区行政督察专员公署。1949年5月13日，昆山解放，属华东军政委员会苏南苏州行政区专员公署；次年属苏州专区。1983年初，江苏省实行市管县体制，属苏州市。1989年9月，昆山撤县设市(县级)。
今昆山市人民政府所在地玉山镇畔的马鞍山，形似马鞍，由此得名。自唐天宝十年(751)昆山县移治此地以后，因县名仍叫昆山，后人误以为马鞍山即昆山，遂称上海松江县境内的昆山为小昆山，称县境内的马鞍山为昆山。考古学的研究显示，古代这里曾是一片汪洋，马鞍山为海中孤岛，大约在距今4200～6000年之间，海岸线东移，这一带才变为平原。马鞍山虽高不过80余米，但在一望无垠的平原上远远望去，却也峰峦雄奇，巨石嶙峋，兀然挺立于云烟之表，故自来就有“真山似假山”、“百里平畴，一峰独秀”之称。马鞍山产昆石。昆石又名巧石、玲珑灵珑石、玲珑石、昆山石，石质洁白，玲珑剔透，宛如璧玉，故昆山县自古又别称玉峰，县治称玉山。马鞍山风景秀美神奇。南朝宋刘澄之《扬州记》曾说，每当将雨，即有青云冉冉来映此山，此山也有雾飘然而出，二云相交，遂有大雨。山上有文笔亭、林迹亭等诸多名胜。今山下为亭林公园。亭林是顾炎武的号，因他是昆山人，故还有“昆山先生”之称。
昆山是世界人类口头和非物质文化遗产昆剧的摇篮。昆剧又称“昆腔”、“昆山腔”、“昆曲”，是我国历史最为古老、影响最为广泛的剧种之一。早在元末明初，昆山一带的山歌小调为南曲吸收，经昆山音乐家顾坚等改进，发展成为昆山腔。昆山腔和余姚腔、海盐腔、弋阳腔并称明代南曲四大声腔。明嘉靖、隆庆年间，大音乐家魏良辅吸收当时流行的北曲、南曲和其他声腔流派的特点，对昆山腔进行全面的改革和创新，建立起昆腔新声体系，时人谓之“昆曲”。昆曲声腔细腻婉转柔和，故又有“水磨腔”之称。隆庆末年，昆山戏剧家梁辰鱼编写了第一部昆腔传奇《浣纱记》。《浣纱记》的上演，使昆腔由清唱成长为一种成熟的戏剧，昆曲也由此获得“昆剧”之称。至万历期间，昆剧已风靡全国，学昆腔、演昆曲、赏昆剧，已成为全国各地各个阶层的人们乐此不疲的精神追求。张大复《梅花草堂笔谈》说：“取声必宗伯龙氏，谓之昆腔。”王骥德《曲律》说：“燕赵之歌童舞女，咸弃其捍拨(此处指北曲)，尽效南声(此处指昆腔)。”徐树丕《识小录》谓：“四方歌者皆宗吴门。”甚至还有人说：“曲已擅于吴，莫与竞矣。”昆剧的影响于此可见一斑。因为昆剧已成为主宰剧坛的全国性大剧种，所以昆剧一度被称为“官腔”、“百戏之母”。昆剧在我国古代剧坛上这种“龙头老大”的地位，一直维持到清代中后期京剧的兴起。2001年5月，昆曲被列为联合国“人类口头和非物质文化遗产”名录，这一有着600多年历史的古老剧种，再次受到世人的瞩目。